Batlle por tradición familiar fue inicialmente católico. Lo fue hasta los primeros veinte años de vida. Ardao- Batlle y Ordoñez y el positivismo filosófico-, citando a Giúdici y González Conzi transcriben una cita del reformador uruguayo:
“ A los 19 años yo era católico, esto es, no había abandonado la religión en que se me había criado. Mis padres eran católicos; pero con un catolicismo que no iba a la Iglesia ni andaba con curas. A mí se me había enseñado el Padre Nuestro, que aun recuerdo y llegué a saberlo también en Inglés, aprendido en una escuela protestante; el credo, que no recuerdo bien, y nada más. Se trató de hacerme confesar cuando tenía ocho o diez años; pero el poco empeño de mis padres en que lo hiciera y el mío en no hacerlo, dieron por resultado el que no se realizase nunca aquél acto. No recuerdo haber hablado en mi niñez, con más curas que el Padre Estrázulas, muy conocido entonces, pues administraba la homeopatía y algunos otros remedios, y solía asistirme cuando yo estaba enfermo”.
“ Con estos antecedentes católicos empecé a cursar el bachillerato en la Universidad, donde la muchachada era casi toda liberal. Mi catolicismo fue pronto conocido, porque yo me quitaba el sombrero al pasar, a la vuelta de la Universidad, frente al Cristo de la Iglesia de los Ejercicios, afrontando las burlas de unos y los argumentos de otros y sintiéndome más impresionado por los argumentos que por las burlas. ”
“ Se aproximó entonces a mí Augusto Serralta, fallecido aun joven, católico militante y estudiante distinguido, con quién trabé amistad. No sé si fui socio del Club Católico y creo probablemente que lo haya sido. Mi amigo Serralta debió, sin duda, incluirme en las listas de miembros de aquel Club que concurrían a su sostenimiento. Ese Club ha de deberme, pues, algunos pesos con sus intereses que yo debí darle sin saber lo que hacía, y creyendo que allí como se me decía, se veneraba a un dios infinitamente poderoso, inteligente y justo”.
“ A los veinte años o entre los veinte y veintiuno yo había dejado de ser católico. Por primera vez, en aquel tiempo, examiné mi religión; y la reputé absurda y grotesca. Y entonces, sí, fui alguna vez al Club Católico; pero lo hice formando parte de una banda de juventud, que, encabezada por Vázquez y Vega, con cuya amistad me honraba y cuya memoria venero, solía ir al Club Católico, creado por Mariano Soler, el que fue Obispo, que era estudioso, dado a la filosofía y tenía gusto en discutir de viva voz con los incrédulos del Club Uruguay, hoy Ateneo, a quienes invitaba a controvertir con él sobre las verdades de la fe. Era la época de Latorre. La prensa estaba amordazada. No se podía hablar de política ni mucho menos de los crímenes que se cometía. Pero podía hablarse de la religión y criticarla. En consecuencia, se inició una época en que no se hablaba de otra cosa. El tirano salía, sin falta, con su gran capote gris azulado con vivos verdes y kepí, con el número 1 de Infantería, en que había hecho su carrera, con un cirio en la mano y gran aire de contricción, a la cabeza de las procesiones que frecuentemente recorrían las calles de la ciudad, y la policía obligaba a descubrirse a las personas que las procesiones hallaba a su paso; pero la prensa podía decir a Dios y a sus ministros cuanto quería.
Expresa Ardao que después del 93 y hasta su muerte, Batlle siguió siendo el mismo espiritualista de antes. En 1944, casi octogenario, Eduardo Acevedo dictó una clase simbólica en la Facultad de Derecho. Evocando, en forma por otra parte muy escueta y aun velada, la vida filosófica de su juventud, dijo allí:
Siendo Batlle y Ordóñez presidente del Consejo Nacional de Administración, tuve yo que ir a Piedras Blancas para consultarle un punto de la carta orgánica del Banco de la República, de cuyo directorio yo formaba parte. Terminada la conversación le referí a Batlle, con quien yo cultivaba una vieja y afectuosa vinculación, que, en esos días, había roto muchos papeles estudiantiles, entre los que figuraba una libreta con estos rótulos: “ Argumentos para probar la existencia de Dios; argumentos para probar la inmortalidad del alma, Argumentos contra la divinidad de Jesús”. Yo conservo- le dijo Acevedo a Batlle- las mismas ideas que entonces. ¿ Y Ud?, agregué. Sí, me contestó, algo por el estilo.
Carlos Travieso, antiguo compañero de Batlle dice que este era espiritualista, siendo su libro favorito en filosofía del derecho, el Curso de Derecho Natural de Ahrens.